Paku Tanah Jawa mengangkat kisah kelam dari sebuah desa di lereng Gunung Tidar, Magelang—yang dikenal sebagai pusat kekuatan mistis Pulau Jawa. Film ini menceritakan tentang Ningrum, seorang gadis yang sejak kecil dijauhi warga karena ibunya, Handini, seorang sinden cantik, diduga terlibat praktik ilmu hitam.
Jung Se-ok adalah seorang ahli bedah saraf jenius yang kariernya hancur akibat insiden masa lalu. Setelah kehilangan lisensi medisnya, ia terpaksa melakukan operasi ilegal di dunia bawah tanah, didorong oleh obsesinya terhadap ilmu saraf. Pertemuan kembali dengan mantan mentornya, Choi Deok-hee, membuka kembali luka lama dan memicu permainan kekuasaan serta balas dendam yang berbahaya. Seiring Se-ok mendalami prosedur medis yang inovatif namun etis dipertanyakan, ia harus menghadapi konsekuensi moral dari tindakannya, mengaburkan batas antara kebutuhan medis dan ambisi pribadi
Lim Gyu-nam (Lee Je-hoon) adalah seorang sersan tentara Korea Utara yang telah mengabdi selama 10 tahun. Merasa kecewa dengan sistem negaranya yang mengekang, ia merencanakan pelarian ke Korea Selatan melalui Zona Demiliterisasi (DMZ).
